中国有机产品认证属于产品认证的范畴，根据《中华人民共和国认证认可条例》、《有机产品认证管理办法》（国家质量监督检验检疫总局2004年第67号令）和中国合格评定国家认可委员会相关认可准则CNAS—CC23：2006《〈产品认证机构通用要求〉有机产品认证的应用指南》的要求以及国际通行做法，有机认证程序一般都包括认证申请和受理（包括合同评审）、文件审核、现场检查（包括必要的采样分析）、编写检查报告、认证决定、证书发放和证后监督等主要流程。
申请者书面提出申请认证时，根据《有机产品认证实施规则》的规定，应向有机认证机构提交下列材料：① 申请者的合法经营资质文件，如营业执照、土地使用证、租赁合同等；② 申请者及有机生产、加工的基本情况，如申请者名称、地址和联系方式，生产、加工规模，包括品种、面积、产量、加工量等描述；③ 产地（基地）区域范围，包括地理位置图、地块分布图、地块图；④ 申请认证的有机产品生产、加工、销售计划；⑤ 产地（基地）、加工场所有关环境质量的证明材料；⑥ 有关专业技术和管理人员的资质证明材料；⑦ 保证执行有机产品标准的声明；⑧ 有机生产、加工的质量管理体系文件；⑨ 其他相关材料。
按照国家质检总局《有机产品认证管理办法》、国家认监委《有机产品认证实施规则》等法律法规和GB/T19630《有机产品国家标准》，企业要想将自己的产品作为有机产品销售，必须通过有机认证。从事有机产品认证的机构必须获得中国国家认证认可监督管理委员会（简称国家认监委，英文缩写CNCA）的批准。国家认监委（CNCA）网站上对获批的认证机构给予公布。只有获得CNCA批准并与公布的认证机构才是合法的可从事认证活动的机构。可以在CNCA网站查询其批准的认证机构目录，具体办法为CNCA网站——综合服务专区——机构查询——认证机构名录——选择有机产品（共分植物、畜禽、水产和加工四类）。
公众还可以通过在CNCA网站的“食品农产品查询”服务区查询全国食品农产品认证企业名录及其认证产品等信息。
按照农业部绿色食品、无公害农产品、有机食品认证工作“三位一体、整体推进”的战略部署，有机食品认证程序及有机食品标志已正式启用。
1、申请
申请者向中心（分中心）提出正式申请，填写申请表和交纳申请费。申请者填写有机食品认证申请书，领取检查合同、有机食品认证调查表、
有机食品认证的基本要求、有机认证书面资料清单、申请者承诺书等文件。申请者按《有机食品认证技术准则》要求建立：质量管理体系；生产过程控制体系；追踪体系。
2、认证中心核定费用预算并制定初步的检查计划
认证中心根据申请者提供的项目情况，估算检查时间，一般需要2次检查：生产过程一次、加工一次，并据此估算认证费用和制定初步检查计划。
3、签订认证检查合同
l 申请者与认证中心签订认证检查合同，一式三份；
l 交纳估算认证费用的50%；
l 填写有关情况调查表并准备相关材料；
l 指定内部检查员（生产、加工各至少1人）；
l 所有材料均使用文件、电子文档各一份，寄或E-mail给分中心。
4、初审
l 分中心对申请者材料进行初审；
l 对申请者进行综合审查；
l 分中心将初审意见反馈认证中心；
l 分中心将申请者提交的电子文档E-mail至认证中心。
5、实地检查评估
l 认证中心在确认申请者交纳颁证所需的各项费用；
l 派出经认证中心认可的检查员；
l 检查员从分中心取得申请者相关资料，依据《有机食品认证技术准则》，对申请者的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估，必要时需对土壤、产品取样检测。
6、编写检查报告
l 检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告；
l 该报告在检查完成2周内将文档、电子文本交认证中心；
l 分中心将申请者文本资料交认证中心。
7、综合审查评估意见
认证中心根据申请者提供的调查表、相关材料和检查员的检查报告进行综合审查评估，编制颁证评估表，提出评估意见提交颁证委员会审议。
8、颁证委员会决议
颁证委员会定期召开颁证委员会工作会议，对申请者的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，作出是否颁发有机证书的决定。
9、颁发证书
根据颁证委员会决议，向符合条件的申请者颁发证书。申请者交纳认证费剩余部分，认证中心向获证申请者颁发证书；获有条件颁证申请者要按认证中心提出的意见进行改进做出书面承诺。
10.有机食品标志的使用
根据证书和《有机食（产）品标志使用章程》的要求，签订《有机食（产）品标志使用许可合同》，并办理有机/有机转换标志的使用手续。
11．保持认证
| 有机食品认证证书有效期为1年，在新的年度里，COFCC会向获证企业发出《保持认证通知》。
| 获证企业在收到《保持认证通知》后，应按照要求提交认证材料、与联系人沟通确定实地检查时间并及时缴纳相关费用。
| 保持认证的文件审核、实地检查、综合评审、颁证决定的程序同初次认证。
国内有机认证机构
中国质量认证中心（CQC）
方圆标志认证集团（CQM）
上海质量体系审核中心（SAC）
广东中鉴认证有限责任公司（GZCC）
浙江公信认证有限公司（GAC）
杭州万泰认证有限公司（WIT）
北京中安质环认证中心（ZAZH）
北京中绿华夏有机食品认证中心（COFCC）
中环联合（北京）认证中心有限公司（CEC）
北京陆桥质检认证中心有限公司（BQC）
杭州中农质量认证中心（OTRDC）
北京五洲恒通认证有限公司（CHTC）
辽宁方园有机食品认证有限公司（FOFCC）
黑龙江绿环有机食品认证有限公司（HLJOFCC）
北京五岳华夏管理技术中心（CHC）
大连市环境科学研究院
西北农林科技大学认证中心（YLOFCC）
南京国环有机产品认证中心（OFDC）
新疆生产建设兵团环境保护科学研究所认证中心
[1-2] 国外认证机构
欧盟国际生态认证中心（ECOCERT）
新西兰有机协会VERYTRUST有机认证
国际有机作物改良协会（OCIA）
德国天然有机认证BDIH
瑞士生态市场研究所（IMO）